奇門遁甲的分類方式多樣，依據時間可分為年家奇門、月家奇門、日家奇門、時家奇門；依據推演方法可分為活盤奇門（排宮法）與飛盤奇門（飛宮法）；而依據其應用層面，則主要分為數理奇門與法術奇門兩大類。

數理奇門：象數與五行的融合

數理奇門以式盤推演為核心，其經典代表作為《煙波釣叟歌》。此類奇門將「象數」與「五行」兩大術數體系巧妙結合。其天盤、地盤、人盤、神盤，以及三奇六儀，皆各有其象徵意義、數理關係、五行屬性及生剋制化規則。這些元素交織成一個複雜而精密的系統，可用於描述特定時空中天、地、人事之間的相互關係與發展趨勢。

數理奇門的式盤以洛書九宮為基礎框架，而洛書九宮正是後天八卦象數體系的表達方式。因此，奇門遁甲蘊含著豐富的象數原理。同時，三奇六儀（即天干）以及分布於九宮中的地支，構成了五行術的基本架構，使得五行生剋的判斷法則得以在奇門體系中運用。

法術奇門：道法與奇門的結合

法術奇門，又稱道法奇門, 則是將奇門遁甲與道家法術相結合的一種應用形式，其代表作為《六陰洞微真經》。法術奇門中包含了多種秘術秘法，傳說能將人的潛能發揮到極致。然而，修習法術奇門對個人的資質與品德有著極高的要求，包括：

1. 深厚的道行修為
2. 純正的心術
3. 無私的付出
4. 尊師重道的品格
5. 嚴守門規戒律
6. 積累功德

法術奇門據傳有三千六百法門，細分為大小法門，又各有上、中、下三等之別。常見的法術奇門應用包括：

• 護身法
• 收元神法
• 制邪術法
• 鬥法
• 驅魂散離法
• 索債法
• 陰壇符咒法
• 發兵遣將法
• 急難突圍法
• 扭轉乾坤法
• 六甲陰符法
• 隱形匿跡法
• 真人步罡踏斗法
• 禳災祛病法
• 三奇神咒法
• 五鬼驅魂/搜魂法

數理奇門與法術奇門的比較

相較於法術奇門的神秘性與較高的修習門檻，數理奇門因其更注重推演預測，應用更為廣泛。